Organy podatkowe nie mogą domniemywać, iż podatnik dokonujący transakcje z podmiotami powiązanymi „przerzuca dochody” oraz w związku z tym wymagać przedstawienia przez podmiot dodatkowych informacji niewymienionych w przepisach. Jednakże spoczywający na podatniku obowiązek sporządzenia dokumentacji podatkowej ma na celu ułatwienie organom kontrolnym sprawdzenie, czy przedmiotowa transakcja została zawarta na warunkach rynkowych – czy nie ma na celu przeniesienie dochodu do innych jednostek powiązanych. Wskazany obowiązek podatnika, nie zwalnia organów podatkowych z obowiązku udowodnienia przesłanek z art. 11 ust. 1 i 4 updop. Organy powinny wykazać, poza zaistnieniem powiązań pomiędzy jednostkami, fakt nierynkowego charakteru przyjętych warunków transakcji, co doprowadziło do niewykazania przez polskiego podatnika dochodu / wykazania dochodu zaniżonego w stosunku do tego, jaki należałoby oczekiwać, gdyby powiązania między podmiotami nie występowały. Zgadzając się z tezą1 Pana Pęka, brak przygotowania przez podatnika dokumentacji podatkowej transakcji z podmiotem powiązanym nie stanowi przesłanki do oszacowania dochodu przez organy podatkowe2 na podstawie art. 11 ust. 2 updop, w przypadku, gdy warunki badanej transakcji zostały ustalone zgodnie z zasadami rynkowymi – warunki, jakie ustaliłyby jednostki niezależne w porównywalnej sytuacji.

Obowiązek sporządzenia dokumentacji podatkowej dotyczy transakcji, które są skutkiem umów zawartych po 31 grudnia 2000 r., jak również transakcji dokonanych po dniu 31 grudnia 2000 r. w przypadku, gdy umowy będące podstawą tych transakcji zostały zawarte przed 31 grudnia 2000 r. – zgodnie z przepisami międzyczasowymi3. W odniesieniu do transakcji, w związku, z którymi zapłata należności następuje na rzecz jednostki mającej siedzibę, zarząd lub miejsce zamieszkania w tzw. raju podatkowym, obowiązek przygotowania dokumentacji podatkowej istnieje, gdy transakcja została zawarta po 1 stycznia 2001 r.4 

Analizując art. 19 ust. 4 updop5, należy wskazać jednoznacznie na rolę sankcjonującą wskazanej regulacji w przypadku, gdy podatnik nie sporządzi dokumentacji podatkowej zgodnie z art. 9a updop. Sankcja polega na zastosowaniu stawki 50% do kwoty będącej różnicą pomiędzy dochodem zadeklarowanym przez podatnika, będący wynikiem realizacji transakcji z podmiotem powiązanym, a dochodem oszacowanym przez organy podatkowe / organy kontroli skarbowej, na podstawie art. 11 updop, w wysokości wyższej / stracie w wysokości niższej niż zadeklarowana. Z treści przepisu, można jednakże wywnioskować, że stawka 50% nie będzie miała zastosowania do różnicy między stratą wykazaną w zeznaniu przez podatnika, a wysokością oszacowanej straty przez organy kontrolne. Natomiast w przypadku wykazania przez podatnika straty, wynikającej z transakcji z podmiotem powiązanym, organy kontrolne oszacują należny dochód podatnika związany z badaną transakcją, – sankcjonująca stawka będzie się odnosiła do całego dochodu oszacowanego przez organy kontrolne (zakładając wypełnienie warunków z art. 19 ust. 4 updop).

Odnosząc się do obowiązku podatników przygotowania dokumentacji podatkowej oraz przedstawienia jej organom kontrolnym na wyraźne żądanie w terminie 7 dni od daty wezwania, można przyjąć, iż bazowa regulacja – art. 9a ust. 1, 4 updop, pośrednio przewiduje możliwości uzupełnienie informacji mających kluczowe znaczenie dla sprawy w późniejszym terminie. Należy zatem przyjąć, że podatnik jest uprawniony do dołączenia dodatkowych dokumentów / przedstawienia dodatkowych danych mających wpływ na poziom określonych cen transakcyjnych nieumieszczonych w przedstawionej dokumentacji organom podatkowym6. Jednakże w powyższym przypadku podatnik musi się liczyć z możliwymi negatywnymi konsekwencjami. Przedstawienie organom podatkowym dodatkowych informacji nieuwzględnionych w dokumentacji podatkowej jednoznacznie podważa kompletność przedstawionej dokumentację i wykazuje jej niewiarygodność. Organy kontrolne mogą podnosić, iż podmiot nie dopełnił wymogu przekazania dokumentacji podatkowej we wszystkich jej istotnych elementach w terminie 7 dni od daty wezwania, co w konsekwencji uprawnia organy do zastosowania stawki 50% do oszacowanego dochodu7.  

Spełnienie warunków przez podatnika zgodnie z art. 9a updop – przygotowanie dokumentacji podatkowej, jest pewnego rodzaju zabezpieczeniem dla podmiotu przed ewentualnym zastosowaniem stawki 50% do oszacowanego dochodu. Jednakże z drugiej strony, podmiot jest zobligowany do prowadzenia ewidencji rachunkowej, zgodnie z odrębnymi przepisami – m.in.: ustawa o rachunkowości, w sposób zapewniający określenie wysokości dochodu (straty), podstawy opodatkowania i wysokości należnego podatku za rok podatkowy, a także do uwzględnienia w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych informacji niezbędnych do obliczenia wysokości odpisów amortyzacyjnych8.